La fauna del Cantón Huamboya forma parte de las especies endémicas de la Amazonía  ecuatoriana. La hemos dividido en tres grupos: la terrestre, la acuática y la aérea.

Dentro de la fauna del cantón Huamboya, existe gran cantidad de animales de selva; sin embargo, muchos de ellos han sido extremadamente explotados mediante la cacería, por lo que ciertas especies están prácticamente en peligro de extinción. Dentro de estas especies de animales existentes tenemos: